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基因芯片数据处理(基因芯片分析)

时间:2024-07-08

基因芯片介绍

1、基因芯片(genechip)(又称DNA芯片、生物芯片)的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是杂交测序方法,即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法,在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。

2、基因芯片,这座生物信息学的微观罗盘,通过精密的碱基配对技术揭示生命奥秘。全球的基因数据库,如GEO、ArrayExpress和TCGA,犹如知识的宝库,储存着海量的芯片数据。数据处理旅程始于背景噪声的消除,通过矩阵化和标准化(N:条件数,G:基因数量,mi:基因表达水平,mj:条件下的基因表达)精心梳理。

3、芯片, 根据核酸分析过程中的3 个主要步骤,DNA 芯片分为3 类:用于核酸样品制备的DNA芯片、用于核酸片段扩增反应的DNA 芯片和用于基因检测的DNA 芯片,后者又称微阵列,即DNA芯片。本文对基因芯片在食品致病菌检测中的应用作一介绍。

4、基因芯片技术是同时将大量的探针分子固定到固相支持物上,借助核酸分子杂交配对的特性对DNA样品的序列信息进行高效的解读和分析。

DNA芯片技术的技术

1、【答案】:DNA芯片技术是20世纪90年代后发展的一项DNA分析新技术,它集合了集成电路计算机、激光共聚焦扫描、荧光标记探针和DNA合成等先进技术。可用于基因定位、DNA测序、物理图谱和遗传图谱的构建等。

2、DNA芯片技术主要包括四个主要步骤:芯片制备、样品制备、杂交反应和信号检测和结果分析。芯片制备-制备芯片主要以玻璃片或硅片为载体,采用原位合成和微矩阵的方法将寡核苷酸片段或cDNA作为探针按顺序排列在载体上。芯片的制备除了用到微加工工艺外,还需要使用机器人技术。

3、DNA芯片又称基因芯片,DNA是人类的生命遗传物质脱氧核糖核酸的简称。因为DNA分子链是以ATGC(A-T、G-C)为配对原则的,它采用一种叫做“在位组合合成化学”和微电子芯片的光刻技术或者用其他方法,将大量特定顺序的·DNA片段,有序地固化在玻璃或者硅片上,从而构成储存有大量生命信息的DNA芯片。

DNA微阵列(基因芯片)简介

1、DNA微阵列,这个20世纪80年代萌芽、90年代璀璨的科技瑰宝,如同生物世界中的精密探针,以高通量检测的方式揭示基因的秘密。相较于Southern和Northern杂交的传统手法,基因芯片能够同时审阅众多基因的动态,它就像一个微型的基因实验室,不进行复杂的数学运算,却能揭示生命的复杂性和多样性。

2、DNA微阵列(DNA microarray)又称DNA阵列或DNA芯片,比较常用的名字是基因芯片(gene chip)。是一块带有DNA微阵列(microarray)的特殊玻璃片或硅芯片片,在数平方公分之面积上布放数千或数万个核酸探针;检体中的DNA、cDNA、RNA等与探针结合后,借由-{zh-cn:荧光;zh-tw:萤光}-或电流等方式侦测。

3、DNA芯片又叫做基因芯片(gene chip)或基因微阵列(microarray),寡核酸芯片,或DNA微阵列,它是通过微阵列技术将高密度DNA片段阵列以一定的排列方式使其附着在玻璃、尼龙等材料上面。由于常用计算机硅芯片作为固相支持物,所以称为DNA芯片。

如何轻松搞定基因芯片数据分析

需要一连贯的分析流程 (图一),经过许多统计方法,才能条清理明的将 raw data 整理出一初步的分析数据,当处理到取得实验组除以对照组的对数值后 (log2 ratio),大约完成初步的统计工作,可进展到下一步的进阶分析阶段。

Datasets GEO 号:GDSxxx 一套经过整理的GEO 数据集。每套数据都是可以进行生物学或者统计学上比较的样本,是GEO自带工具进行数据分析和展示的基础。一个 GDS数据集来自同一个平台,数据分析和标准化都具有一致性。getGEO 函数可以从GEO官网获取数据或者将固定格式数据解析为R格式的数据。

来回顾一下基因芯片分析的步骤,首先在布满探针的玻璃平板上加入不同荧光标记(Cy3和Cy5)的对照组和实验组mRNA样品,与芯片上探针杂交后,再用计算机扫描荧光信号,最后进行数据处理,分析。生物芯片在荧光标记的样本和探针结合后, 必须用扫读装置将芯片测定结果转变成可供分析处理的图像数据。

基因芯片的发展历史

1、年世界上第一张全基因组芯片——含有6166个基因的酵母全基因组芯片在斯坦福大学Brown实验室完成,从而使基因芯片技术在世界上迅速得到应用。

2、基因芯片(genechip)(又称DNA芯片、生物芯片)的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是杂交测序方法,即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法,在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。

3、基因芯片(gene chip) 技术是20 世纪90 年代兴起的前沿生物技术,它可以将生物学中许多不连续的分析过程,移植到固相的介质芯片上,并使其连续化和微型化。这对传统生物技术,如检测、DNA 杂交、分型和测序技术将是重大的创新和飞跃。